L'altare maggiore fu consacrato nel 1725 dal vescovo Giberto Borromeo. In una cripta scavata al suo interno sono conservate le reliquie di papa Antero, pontefice del III secolo, trasportate a Novara al tempo del vescovo Carlo Bascapè.

La parte superiore dell'altare fu realizzata su progetto del cremonese Giuseppe Natali, quella superiore - costituita da un tronetto eucaristico con alla sommità il Cristo risorto con lo stendardo crociato - dall'architetto Bellotti.

I bassorilievi in bronzo furono disegnati da Carlo Beretta e fusi dai fratelli Carlo e Francesco Pozzi, da Giovan Battista Agazzini di Ameno e da Carlo Esartier.

  • Il bassorilievo della porta del tabernacolo verso la navata rappresenta l'Ultima cena,
  • quello verso il coro la Sepoltura di Gesù.
  • Il medaglione, collocato sotto la mensa come paliotto, raffigura i solenni funerali di San Gaudenzio.
  • Dieci formelle in bronzo, chiamate le "Historiette", ornano il dorsale anteriore e quello posteriore dell'altare.
Alla parete sinistra del presbiterio, cattedra marmorea detta, "cattedra di San Gaudenzio", sulla quale siedono i vescovi nel giorno del loro ingresso. La cattedra, forse già sedia dei consoli della città romana, è in parte fatta con marmi con epigrafe romana.