Compie la sua formazione a Roma, forse presso il Cavalier d'Arpino, adottando uno stile tardomanieristico che viene arricchito da un breve soggiorno fiorentino e dallo studio continuo del Tintoretto (affreschi per San Silvestro in Capite, Roma).

Tornato in Lombardia nel 1598, si adegua rapidamente alle esigenze dell'ambiente locale riprendendo i modelli severi e patetici dei Procaccini e del Cerano, che elabora secondo uno spiccato gusto per la narrazione, attenta alle notazioni popolaresche nonostante la raffinatezza luministica del colore.

La sua fervida attività, soprattutto di freschista, si svolge a Milano (Rinuncia ai benefici ecclesiastici, per la serie delle grandi tele dedicate alla vita di San Carlo Borromeo in Duomo), a Como (Caduta degli angeli ribelli, Museo Civico), a Novara (Allegorie e Profeti nella cappella della Buona Morte in San Gaudenzio), a Varese (Storie della Vergine nella Cappella del Rosario in San Vittore), a Piacenza e in numerosi centri della pianura piemontese-lombarda.

Tra i più alti e importanti raggiungimenti del Morazzone si pongono gli affreschi eseguiti per i sacri monti di Varallo (Andata al Calvario, Ecce Homo, Cattura di Cristo), di Varese (cappella Litta o della Passione) e di Orta, dove l'artista lascia nella cappella della Porziuncola la stupenda serie della Storie francescane.